Bagholt Mose har oprindeligt været en tørvedannende mose. Som mange andre tørvemoser er den blevet afgravet for at skaffe tørv.

Afgravningen af mosen i sin tid betød, at der blev blottet kalkholdige lag, eller at vand fra disse lag fik adgang til den overfladiske tørv. Der opstod derfor nye og anderledes typer af voksesteder.

I mosen findes derfor en række arter, der er knyttet til sur tørvejord, men også arter knyttet til kalkpåvirket bund. Dette forhold gør, at Bagholt Mose har en meget artsrig og speciel vegetation. Her vokser i dag sjældne arter som Liden Kæruld, Trindstænglet Star, Plettet Gøgeurt, Mygblomst, Hjertelæbe, Løgurt, Eng-Troldurt og 3 arter af kødædende planter  - Vibefedt, Rundbladet Soldug og Blærerod.